Полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР)
Полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР) ― сучасний молекулярно-біологічний метод, який завдяки своїй високій чутливості й специфіці дозволяє встановити поодинокі копії геномів патогенів і одночасно визначає їх наявність тоді, коли іншими методами (імунологічними, бактеріологічними, мікроскопічними) це зробити майже неможливо.
Метод ПЛР-аналізу дозволяє проводити ранню діагностику фітопатогенних мікроорганізмів основних сільськогосподарських культур ще до появи їх видимих симптомів у полі та безпосередньо доводить присутність збудника інфекції, специфічно визначаючи наявність конкретної послідовності нуклеїнової кислоти (ДНК або РНК) виявленого патогена.
СЕРВІС ПЕРЕДБАЧАЄ:
Діагностику інфекційних хвороб основних сільськогосподарських культур та ідентифікацію токсиногенних грибів, що проводяться за допомогою методу полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР).
ЗБУДНИКИ ХВОРОБ, ЯКІ ДІАГНОСТУЮТЬСЯ ЗА ДОПОМОГОЮ ПЛР-АНАЛІЗУ
Етапи проведення ПЛР-діагностики насіннєвого і рослинного матеріалу
-
Відбір середньої проби насіннєвого матеріалу
Відбір зразків насіння відбувається згідно з ДСТУ 4138-2002. Обладнання: конусні, циліндричні, мішкові щупи та механічні пробовідбірники.
Партія насіння — це будь-яка кількість зерна, однорідного за якістю, яку одночасно здають, приймають або зберігають, засвідчена одним документом.
Точкова проба зерна — це проба, відібрана від партії зерна за один раз з одного місця. Об’єднана проба — сукупність усіх точкових проб, узятих з однієї партії.
Середня проба — це частина об’єднаної проби матеріалу, яку передають до лабораторії.
-
Відбір точкових проб із насипу
Від кожного відсіку чи бурту відбирають точкові проби у вигляді конверта в п’яти місцях при величині партії до 20 т або 20 м2 поверхні. Якщо поверхня насіння за площею і масою більша за попередньо встановлену, її умовно поділяють на секції, приблизно по 20 м2 кожна, й відбирають від кожної в п’яти місцях.
-
Відбір точкових проб із мішків
Маса середньої проби має становити до 2 кг.
-
Формування середньої проби
Насіння висипають на роздільну дошку і рівномірно розгортають у вигляді квадрата. За допомогою дерев’яних пластинок (лінійки) розділяють на чотири частини. Дві протилежні частини об’єднують і вказують зазначену інформацію на брендованому пакеті, дві інші відкидаються (зберігаються в господарстві). Виділення середньої проби також можливе при використанні зернового дільника (ДП–5, ДП–10 або інших модифікацій).
-
Відбір середньої проби рослинного матеріалу для встановлення типовості
Рослинний матеріал соняшнику чи кукурудзи необхідно відбирати від фази BBCH–10 (фаза сходів) до більш пізньої фази BBCH–79 (фізіологічна стиглість). По діагоналі поля з різних рослин на рівній відстані відбирають по 1 листку соняшнику чи кукурудзи. Загальна кількість листків з одного поля повинна становити не менше ніж 50. Листова поверхня має бути цілою та непошкодженою.
Також не можна відбирати побурілі, відмерлі (некротизовані) листки, якщо вони є у рослини. Кожен листок (або іншу частину рослини) слід окремо помістити в індивідуальний поліетиленовий чи паперовий пакет або між аркушами м’якого вологоємного паперу. У разі використання інструментів (ножиці, садовий ніж або скальпель) між відборами листків з різних рослин, їх потрібно обробити етиловим спиртом або ж іншим дезінфікуючим засобом.
Рослинний матеріал кожного гібрида, що досліджується, необхідно помістити у брендовані пакети «АгроГід», заповнити інформацію на етикетці й у максимально короткий час надіслати їх до Білоцерківського діагностичного центру.
-
Відбір зразків рослинного матеріалу
Перед відбором зразків рослинного матеріалу слід ретельно оглянути поле і визначити наявність відхилень від нормального розвитку рослин. Рекомендовано зробити знімок досліджуваної місцевості або занотувати дані, а отриману інформацію разом із відібраною пробою передати до діагностичного центру. При відборі проб слід дотримуватися відступів від краю поля, доріг, лісосмуг тощо в 15–20 м. З одного поля в 10-ти різних точках або по діагоналі відібрати в середньому 3–5 рослин.
Звертаємо увагу, що кількість і склад зразка залежить від досліджуваної культури. Середня проба має містити рослини з нормальним розвитком і уражені / недорозвинуті. Рослини відбираються повністю, прикоренева зона містить не менше ніж 100 г ґрунту. Відібраний матеріал слід упакувати в брендовані пакети «АгроГід». Для збереження цілісності при транспортуванні пропонуємо скористатися спеціальним поліетиленовим мішечком для зручної ізоляції кореневої системи.
-
Відбір зразків рослинного матеріалу овочевих і баштанних культур
Щоб відібрати середню пробу, потрібно: Візуально обстежити поле. Встановити відхилення від нормального розвитку рослин і характер поширення (поодиноке, вогнищами, масове). Рекомендовано зробити знімок досліджуваної місцевості або занотувати дані, а отриману інформацію разом з відібраною пробою передати до діагностичного центру. По діагоналі поля в 7–10 точках відібрати проби, відступаючи від краю поля, доріг тощо на 15–20 м, та сформувати середню пробу рослин з нормальним розвитком і таких, які мають візуальні симтоми ураження (в’янення, некрози, плямистості, хлорози, наліт, нарости, деформації, гнилі).
Проби рослин у закритому ґрунті відбирають методом «конверта», тобто шляхом відбору точкових проб по краях і в центрі досліджуваної ділянки. При великих площах теплиці використовують систему відбору «подвійного» або «потрійного конверта». Відібраний матеріал слід упакувати в брендовані пакети «АгроГід». Для збереження цілісності при транспортуванні пропонуємо скористатися спеціальним поліетиленовим мішечком для зручної ізоляції кореневої системи.
-
Відбір зразків рослинного матеріалу плодових і ягідних культур
Щоб відібрати середню пробу, потрібно: Візуально обстежити площу з насадженням. Встановити відхилення від нормального розвитку рослин і характер поширення (поодиноке, вогнищами, масове). По діагоналі або із суміжних рядів насаджень у 5–7 точках відібрати проби (генеративні й вегетативні органи рослин), відступаючи від краю насаджень, доріг на 20–30 м, і сформувати середню пробу рослин з нормальним розвитком (1–2 рослини запакувати в окремий пакет) і таких які мають візуальні симптоми ураження (в’янення, некрози, плямистості, хлорози, наліт, нарости, деформації, гнилі) .
Відібрані зразки (з листям або плоди) слід запакувати в окремі пакети та додати абсорбуючий матеріал, наприклад паперові рушники, який поглинатиме рідину або відходи, що можуть утворитися при транспортуванні. Рекомендовано зробити знімок досліджуваної місцевості або занотувати дані, а отриману інформацію разом з відібраною пробою передати до діагностичного центру.